Quan van passar els temps del paganisme, quan el cristianisme va deixar de ser perseguit i va ser reconegut com a religió mundial, sembla que s'haurien de resoldre totes les diferències. Però de vegades només els concilis ecumènics podien resoldre els conflictes emergents, refutar els ensenyaments herètics: ni tan sols hi havia pau a l'Església.
El primer Concili Ecumènic va ser el Concili de Nicea, convocat l'any 325. La raó d'això va ser l'ensenyament generalitzat del prevere alexandrià Arri. La seva essència era negar la identitat entre Déu Pare i Déu Fill. Va argumentar que Jesucrist va ser creat pel Senyor, però no és la seva encarnació. Tal idea refutava fonamentalment tots els dogmes del cristianisme, i per tant inicialment l'ensenyament d'Arius va ser rebutjat pel Consell Local. Tanmateix, l'orgullós prevere es va negar a reconèixer la decisió del Concili com a legítima i va continuar guanyant els fidels.
Llavors l'emperador Constantí va convidar bisbes d'arreu del món al Concili Ecumènic a la petita ciutat de Nicea (ara anomenada Iznik i situada al territori de l'actual Turquia). Alguns dels representants de l'Església presents portaven rastres de tortura al seu cos,rebut en nom del veritable cristianisme. També hi eren presents els bisbes que donaven suport a Arius.
El debat va durar més de dos mesos. Durant aquest temps hi va haver moltes discussions, discursos de filòsofs, aclariments de formulacions teològiques. Com diu la llegenda, la manifestació d'un miracle diví va posar fi a la baralla. Com a unitat de tres principis, va posar un exemple d'un fragment d'argila: l'aigua, el foc, l'argila donen un sol tot. De la mateixa manera, la Santíssima Trinitat és essencialment un sol Déu. Després del seu discurs, del fragment va sorgir foc, va aparèixer aigua i es va formar argila. Després d'aquest miracle, el Concili de Nicea finalment va rebutjar la falsa ensenyança d'Arius, el va excomunicar de l'Església, va aprovar el Credo i va establir 20 regles de disciplina de l'església, va determinar la data per a la celebració de la Pasqua.
Però aquest Consell de l'Església no ha posat fi a aquesta qüestió. La polèmica va continuar durant molt de temps. Encara ara, encara s'escolten els seus ecos: l'arianisme va formar la base dels ensenyaments dels testimonis de Jehovà.
A més del Concili de 325, també hi va haver el Segon Concili de Nicea, convocat per l'emperadriu Irene de Constantinoble l'any 787. La seva finalitat era abolir la iconoclàstia que hi havia en aquella època. De fet, l'emperadriu va fer dos intents de convocar un Concili Ecumènic. Però l'any 786, els guàrdies que recolzaven els iconoclastes van irrompre al Temple dels Sants Apòstols de Constantinoble, on el Concili va començar a treballar. Els sants pares es van haver de dispersar.
Després d'haver recorregut a trucs considerables, dissoldre la vella guàrdia, reclutar noves tropes, Irina, tanmateix, va convocar la Catedral a787, però el va traslladar de Constantinoble a Nicea. La seva obra va durar un mes, després dels seus resultats, es va restaurar la veneració de les icones, es van permetre a les esglésies.
No obstant això, fins i tot aquest Concili de Nicea no va aconseguir del tot el seu objectiu. L'iconoclàstia va continuar existint. El moviment iconoclasta va ser finalment derrotat només l'any 843, al Concili de Constantinoble.